《Molecular Biology and Evolution》发表了一个新的web工具——phyloBARCODER，可以使用Metabarcodes在物种水平上识别短D...
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物种鉴定工具 | phyloBARCODER：使用自定义参考数据库对真核生物Metabarcodes进行系统发育分类的web工具 -
BRIEF FUNCT GENOMICS | 基因组学研究常用在线资源合集2024年7月《Briefings in Functional Genomics》发表综述文章，概述了人类基因组学研究中使用率较高的50多种在线资源。 精选在线数据库 精选在...
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肿瘤研究工具 | PERCEPTION：利用肿瘤单细胞转录组学预测患者对治疗的反应和耐药性为癌症患者量身定制最佳治疗方案仍是一项重大挑战。为解决这个问题，相关研究团队开发了一个肿瘤精准治疗计算框架——PERCEPTION（PERsonalized Single-C...
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scHiCyclePred：利用多尺度交互信息从单细胞 Hi-C 数据中预测细胞周期阶段单细胞Hi-C (scHi-C) 技术的出现为研究细胞周期阶段与染色质三维 (3D) 结构之间的复杂关系提供了前所未有的机会。然而，基于 scHi-C 数据准确预测细胞周期阶...
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NC | DNA甲基化去卷积方法的基准测试定义组织中不同细胞类型的数量和丰度对于理解疾病机制以及诊断和预后目的非常重要。一般通过免疫组织学分析、细胞分选或单细胞转录组测序来实现的。或者利用细胞特异性DNA 甲基化组信...
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NC | SANTO：一种coarse-to-fine的空间组学对齐和整合方法现有的时空组对齐和整合方法由于耗时极长且准确度不理想，不适用于处理大规模、基于图像的空间组学数据集。2024年7月，《Nature Communications》发表了一种c...
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NC | 利用基于子图的图注意力网络，以单细胞分辨率解析空间转录组学中的细胞间通信细胞间通讯（CCC）的推断对于更好地理解生物系统中复杂的细胞动力学和调控机制至关重要。然而，在单细胞分辨率下准确推断空间CCC仍然是一个重大挑战。2024年8月，《Natur...
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CNGBdb上线下丘脑单细胞图谱平台（Hypo Cell Atlas），揭秘生命“微型控制中心”的高清地图！近日，由山东第一医科大学附属省立医院（山东省立医院）“内分泌糖脂代谢与脑老化”教育部重点实验室、复旦大学生命科学学院遗传工程国家重点实验室、华大生命科学研究院、深圳国家基因库...
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NC | MAGinator能够准确地分析种水平从头组装的MAGs宏基因组测序在表征微生物组方面具有巨大优势，但目前可用的分析工具缺乏将亚种级分类分辨率和准确丰度估算与组装基因组的功能分析相结合的能力。2024年7月，《Nature Com...
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单细胞工具 | SCENT：从多模态单细胞数据中识别组织特异性增强子-基因图谱，找出致病等位基因要将全基因组关联研究（GWAS）的基因位点转化为因果变异和基因，需要从疾病相关组织中获得准确的细胞类型特异性增强子基因图谱。绘制增强子基因图谱至关重要，但目前在原代人体组织中...
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时空组工具 | 使用 scCube 模拟空间转录组中的多种变异空间分辨转录组学 (SRT) 面临的一个紧迫挑战是对计算方法进行基准测试。一种广泛使用的方法是利用模拟数据。然而，目前可用的模拟 SRT 数据存在偏差，这严重影响了方法评估和...
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NC | ezSingleCell：一站式单细胞和空间组学综合分析平台单细胞和空间组学技术的迅速崛起生成了大量数据，为提供具有用户友好界面的更全面的数据分析平台，《Nature Communications》发表了一款交互式且易于使用的应用程序...
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时空组工具 | 用SpatialGlue从空间多组学中解析空间域空间组学技术的进步允许从同一组织切片获取多种类型的数据。为了充分发挥此类数据的潜力，我们需要空间信息数据集成方法。近日，《Nature Methods》发表了一种名为Spat...
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热点综述 | 健康和疾病中的空间转录组学空间转录组技术的快速发展加快了包括肾脏病学在内的多个领域的发现步伐。2024年5月，《Nature Reviews Nephrology》发表综述文章，概述了当前和新兴的空间...
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表观组工具 | epidecodeR：表观遗传学和表观转录组调控的功能探索工具目前如何将特定的 "表观标记 "与细胞和生物过程特定背景下的基因表达联系起来仍是一个重大挑战。2024年1月，《Briefings in Bioinformatics》发表了...
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Nature Plants发表玉米雌穗的空间转录组图谱2024年5月14日，国家基因库生命大数据平台支撑科研成果在Nature Plants在线发表。该研究题为“A spatial transcriptome map of th...
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癌症研究工具 | ImmuneMirror：基于机器学习的新抗原预测工具新抗原来源于肿瘤中的体细胞突变，在正常组织中不存在。新出现的证据表明，新抗原可以刺激肿瘤特异性T细胞介导的抗肿瘤免疫反应，因此是潜在的免疫治疗靶点。2024年2月，《Brie...
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Nature Methods | 基因组学数据去卷积分析的挑战与展望去卷积是根据各种组学数据估计细胞类型丰度的有效方法。尽管近年来去卷积分析方法取得了重大进展，但挑战仍然突出。2024年2月，《Nature Methods》发表Perspec...
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单细胞工具 | scPROTEIN：一个专为单细胞蛋白质组数据分析设计的多功能框架单细胞蛋白质组学测序技术揭示了细胞中蛋白质与蛋白质之间的相互作用、翻译后修饰以及蛋白质形态的动态变化。然而，多肽定量的不确定性估计、数据缺失、批次效应和高噪声阻碍了单细胞蛋白...
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Nature发布迄今最完整肌肉衰老过程单细胞图谱2024年4月，国家基因库生命大数据平台支撑科研成果在《Nature》发表。该研究题为“Multimodal cell atlas of the ageing human s...