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物种鉴定工具 | phyloBARCODER：使用自定义参考数据库对真核生物Metabarcodes进行系统发育分类的web工具《Molecular Biology and Evolution》发表了一个新的web工具——phyloBARCODER，可以使用Metabar...
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BRIEF FUNCT GENOMICS | 基因组学研究常用在线资源合集2024年7月《Briefings in Functional Genomics》发表综述文章，概述了人类基因组学研究中使用率较高的50多种在线...
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肿瘤研究工具 | PERCEPTION：利用肿瘤单细胞转录组学预测患者对治疗的反应和耐药性为癌症患者量身定制最佳治疗方案仍是一项重大挑战。为解决这个问题，相关研究团队开发了一个肿瘤精准治疗计算框架——PERCEPTION（PERson...
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scHiCyclePred：利用多尺度交互信息从单细胞 Hi-C 数据中预测细胞周期阶段单细胞Hi-C (scHi-C) 技术的出现为研究细胞周期阶段与染色质三维 (3D) 结构之间的复杂关系提供了前所未有的机会。然而，基于 scH...
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NC | DNA甲基化去卷积方法的基准测试定义组织中不同细胞类型的数量和丰度对于理解疾病机制以及诊断和预后目的非常重要。一般通过免疫组织学分析、细胞分选或单细胞转录组测序来实现的。或者利...
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NC | SANTO：一种coarse-to-fine的空间组学对齐和整合方法现有的时空组对齐和整合方法由于耗时极长且准确度不理想，不适用于处理大规模、基于图像的空间组学数据集。2024年7月，《Nature Commun...
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NC | 利用基于子图的图注意力网络，以单细胞分辨率解析空间转录组学中的细胞间通信细胞间通讯（CCC）的推断对于更好地理解生物系统中复杂的细胞动力学和调控机制至关重要。然而，在单细胞分辨率下准确推断空间CCC仍然是一个重大挑战...
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CNGBdb上线下丘脑单细胞图谱平台（Hypo Cell Atlas），揭秘生命“微型控制中心”的高清地图！近日，由山东第一医科大学附属省立医院（山东省立医院）“内分泌糖脂代谢与脑老化”教育部重点实验室、复旦大学生命科学学院遗传工程国家重点实验室、华大...
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NC | MAGinator能够准确地分析种水平从头组装的MAGs宏基因组测序在表征微生物组方面具有巨大优势，但目前可用的分析工具缺乏将亚种级分类分辨率和准确丰度估算与组装基因组的功能分析相结合的能力。2024...