距离第一篇简书笔记（2019-8-20）已经一年有余了，本来是想在一周年的时候写一篇心路历程的，后来一想，还是等到粉丝数破千的时候再写更有意义。因为正是这些支持我的小伙伴们的...
发简信
IP属地：湖北
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Dream it. Wish it. Do it.【送给所有支持我的小伙伴们】 -
田心圆 ·您好，我是一名自学生信的学子，本科跟着神经方向的老师，现在跟着代谢组学方向的老师。因为疫情不能返校，所以想自学生信，将生信分析应用于肿瘤的代谢组学分析和神经生物学的分析当中。对于自学生信的人来说，结合您的笔记去学习Jimmy大神的教学，事半功倍，在此向您表示诚挚的感谢！我正在备考托福和雅思，希望将来能去美国或者英国读博，如果能有幸申到offer，希望会有缘分和您交流。网络上负面的东西还请您不要在意，当犬吠尔，您帮助了我们这样的积极向上的人，也希望您有一个好心情~
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谢谢，很好的教程
一句代码同时运行多组富集分析
传统的富集分析的步骤是： 计算出差异表达基因列表 运行GO 运行KEGG当然，也可以运行其他富集分析，比如DO，Wikipathways或者Reactome等等，然后再可视化...
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一句代码同时运行多组富集分析传统的富集分析的步骤是： 计算出差异表达基因列表 运行GO 运行KEGG当然，也可以运行其他富集分析，比如DO，Wikipathways或者Reactome等等，然后再可视化...
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RNAseq分析如何选择 参考基因组 和 gtf
转自：https://mp.weixin.qq.com/s/Yt9HwCrvsz4gAkieTWYjRQ[https://mp.weixin.qq.com/s/Yt9HwCr...
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Featurecounts：比对计数工具
按道理，featurecount应该是转录组分析中最基本的工具，但由于没有深挖其中的参数，前段时间在用它处理转录组数据时还是吃了大亏。现在将一些常用的参数记录下来： 首先在计...
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两组数据Fisher检验及结果可视化分析需求/适用场景 我们常常要比较N个元素的不同状态在两组间的分布情况，分析富集于一组的元素。那此时就可以对每个元素不同状态在两组的数量进行Fisher检验，然后通过可视化直...
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关于 MACS call ATAC-seq 数据 Peak 时候的激烈讨论（MACS3 正在开发中）
Twitter 热论：ATAC peak calling with MACS2 问题 MACS3 github专门开放了一个征对 ATAC-seq call peak 的讨论...
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ENCODE-Blacklist：基因组也有“黑名单”了黑名单：顾名思义，就是有问题的区域！具体怎么定义，包含哪些信息呢？咱来详细唠一唠： 在The ENCODE Blacklist: Identification of Prob...
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ATACseq 分析流程ATACseq 基本原理如下图所示。真核生物 DNA 与核小体结合形成染色质，结合的紧密程度是动态变化的。当 DNA 需要复制或转录时，结合变得松散让 DNA 暴露。暴露的 ...
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deeptools使用过程中出现问题集
1.想要画一个chip-seq的热图，首先要通过bamcompare获得针对IP和input样品的处理后的bigwig文件， 通过运行命令 bamcompare -b1 IP...
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不知道你是否解决,我遇到相似问题,后来查看txdb文件,发现构建的染色体号不带chr,在文件中删了chr就可以了
R: Error in (function (classes, fdef, mtable) : unable to find an inherited method for functi...
第１次用ChIPseeker就遇到了这样的问题： 然后上网也没找到对应的解决方法，无奈只好看manual,试了example也没问题，然后看到peak构造的时候，seqnam...
