之前我写过一篇使用pROC包画好看的ROC曲线[https://swcyo.rbind.io/course/proc/]的教程，那篇教程中使用的是pROC，这个包可以快速拟合...
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使用multipleROC快速绘制ROC曲线 -
训练深度学习模型的技巧最核心的技巧：数据集足够大且标记良好，就可以在不更改模型或训练设置的情况下获得良好的结果 但是，获得大量标记良好的数据集是有很高成本的，当数据集达不到上述要求时，可以遵循下面...
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snATAC-seq Peak 跨物种 liftOver 质量控制原则
🔑 1、概要 liftOver 是 基因组坐标转换（genome coordinate conversion） 的一个常用工具/方法，最早由 UCSC Genome Brow...
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R语言::生成拟细胞 SOMA 轮廓（绘图视觉优化）示例图展示的内容：每个“泡泡状”的多边形表示一个模拟细胞 soma；不同颜色对应不同类型的细胞（比如 Neuron、Astrocyte 等）；图中细胞之间间距合理，形状平滑，...
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对 Signac-TF Footprint Plot 的理解与解释生物背景： snATAC-SEQ 数据由Tn5 转座酶 切割产生的DNA片段组成（fragments file）。这种酶倾向于在染色质的开放（可访问）的区域进行切割，这些区域...
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karyoploteR：基于 BigWig 绘制多层信号图 + 自定义基因组支持本教程将以 食蟹猕猴（Macaca fascicularis）的 snATAC-seq 测序数据中提取的基因组可及性信号（以 BigWig 格式 存储的 Peak 强度数据）...
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关于PhastCons和SIFT4G的使用
由于分析需求需要使用PhastCons分析DNA的保守序列，以及使用SIFT软件分析氨基酸变异的有害性，经过一段时间的探索，对这两款软件已经有了还算全面的认识，在此记录一下分...
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ArchR-To-Signac 转换：拓展单细胞ATAC分析引言 本博客旨在详细展示如何将 ArchR 项目中的数据转换为 Signac 格式对象，为下游单细胞 ATAC-seq 数据分析提供支持。主要通过 六个简短的代码块 系统性说...
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基于GWAS结果的SNP筛选与坐标检索指南
1、关于潜关联SNP的筛选 筛选疾病风险SNP时，选择GWAS p值小于0.05的结果 并不是一个最佳的策略，尤其是在全基因组范围的关联分析中。这是因为在GWAS中，通常要对...
